La temporada 2016-17 fue un año de transición y consolidación para el Wrexham, ya que los "Reds" terminaron en la decimotercera posición de la National League. En medio de una importante reestructuración del plantel y un cambio de entrenador a mitad de temporada que vio a Dean Keates tomar las riendas, el equipo se apoyó en la chispa ofensiva de John Rooney, cuyos 11 goles fueron vitales para el conjunto. Fue un año de reconstrucción en el Racecourse Ground que se centró en estabilizar la posición del club y sentar las bases para futuros progresos en la quinta categoría.