La temporada 2019-20 fue una lucha turbulenta pero finalmente exitosa por la permanencia para el MK Dons en su primera temporada de regreso en la League One, la cual terminó prematuramente debido a la pandemia de COVID-19. Su decimonoveno puesto final, logrado con mucho esfuerzo, fue determinado por un sistema de puntos por partido, asegurando su estatus profesional por un año más. La temporada estuvo definida por un cambio de entrenador a mitad de campaña que vio a la leyenda del club, Russell Martin, tomar las riendas. Liderando el ataque en la cancha estuvo el electrizante delantero Rhys Healey, cuyos 11 goles cruciales en liga (12 en todas las competiciones) resultaron vitales. Fue un año que vio momentos de brillantez, incluyendo una histórica carrera hasta la tercera ronda de la EFL Cup que atrajo una asistencia récord para el club de 28.521 espectadores contra los eventuales campeones, el Liverpool, un punto culminante memorable en un capítulo difícil pero definitorio.