La campaña 2012-13 resultó en una temporada de transición pero finalmente triunfante para el Lyon, ya que Les Gones aseguraron un crucial tercer puesto en la Ligue 1 y ganaron el Trophée des Champions contra el Montpellier. Bajo el mando del entrenador Rémi Garde, el equipo, cada vez más dependiente de los productos de su cantera como Samuel Umtiti y Clément Grenier, terminó dramáticamente la primera mitad de la temporada como 'campeón de otoño'. Al frente del ataque estuvo el potente delantero Bafétimbi Gomis, cuyos 16 goles en liga, incluyendo un memorable hat-trick en una goleada por 4-1 a su rival Marsella, resultaron decisivos para asegurar un codiciado puesto en la fase preliminar de la Champions League. Fue un año clave que marcó la exitosa aparición de una nueva generación de jugadores formados en casa y brindó grandes esperanzas para el futuro del club.