La campaña 2006-07 fue una temporada turbulenta de transición para el Udinese, ya que los Bianconeri, atravesando un cambio de entrenador que vio a Giovanni Galeone ser reemplazado a mitad de temporada por Alberto Malesani, finalmente aseguraron un sólido décimo puesto en la Serie A. Fue una emotiva despedida para el delantero campeón del mundo Vincenzo Iaquinta, cuyos 14 goles impulsaron el ataque en su última temporada antes de un traspaso de alto perfil a la Juventus. Fundamentalmente, ese año consolidó la presencia de Antonio Di Natale, quien, a pesar de la partida de Iaquinta, se convertiría en la nueva y duradera estrella y talismán del equipo para la década siguiente.