Durante la campaña 1990-91, el FCB terminó 2º en la Bundesliga con Roland Wohlfarth anotando 21 goles. En 1991-92, el FCB terminó 10º en la Bundesliga con Roland Wohlfarth marcando 17 goles. En la temporada 1992-93, el FCB terminó 2º en la Bundesliga con Bruno Labbadia anotando 11 goles. En la temporada 1993-94, el FCB ganó la Bundesliga con Adolfo Valencia y Mehmet Scholl anotando 11 goles. En la temporada 1994-95, el FCB terminó 6º en la Bundesliga con Christian Ziege marcando 12 goles. Durante la campaña 1995-96, el FCB terminó 2º en la Bundesliga con Jürgen Klinsmann anotando 16 goles. El Bayern de Múnich disfrutó del éxito en la copa, ganando la Copa de la UEFA, derrotando al Burdeos en la final. En la temporada 1996-97, el FCB ganó la Bundesliga con Jürgen Klinsmann anotando 15 goles. En la temporada 1997-98, el FCB terminó 2º en la Bundesliga con Carsten Jancker anotando 13 goles. El Bayern de Múnich disfrutó del éxito en la copa, ganando la DFB-Pokal, venciendo al MSV Duisburg en la final. En 1998-99, el FCB triunfó en la Bundesliga con Carsten Jancker y Giovane Élber anotando 13 goles. En la temporada 1999-00, el FCB terminó primero en la Bundesliga con Giovane Élber anotando 14 goles. El Bayern de Múnich disfrutó del éxito en la copa, ganando la DFB-Pokal, venciendo al Werder Bremen en la final.