En su primer año bajo el entrenador en jefe Mike Nolan, los San Francisco 49ers de 2005 mostraron resiliencia al duplicar su total de victorias de la temporada anterior para terminar 4-12. La temporada se destacó por una victoria en el partido inaugural contra los Rams y la llegada de jugadores clave como el seleccionado de primera ronda Alex Smith y el legendario corredor Frank Gore, quien lideró al equipo con 608 yardas por tierra como novato. Los San Francisco 49ers de 2006 mostraron un progreso significativo bajo el entrenador en jefe Mike Nolan, terminando con un récord de 7-9 y casi duplicando su total de victorias de la temporada anterior. El año estuvo marcado por una irrupción histórica del corredor Frank Gore, quien estableció un récord de franquicia con 1,695 yardas por tierra y obtuvo su primera selección al Pro Bowl. El equipo terminó la temporada con broche de oro con una emocionante victoria en tiempo extra contra los Denver Broncos, demostrando el crecimiento del joven mariscal de campo Alex Smith y sentando una sólida base para el futuro.