La saison 1996-97 s'est avérée être une saison difficile et de transition pour le Borussia Mönchengladbach, les Fohlen terminant finalement 11e de la Bundesliga. L'année a été marquée par un changement d'entraîneur en milieu de saison, Bernd Krauss étant remplacé par Hannes Bongartz, et par l'incapacité à capitaliser sur le bon classement de la saison précédente. Le célèbre international suédois Martin Dahlin a mené l'attaque, inscrivant 10 buts cruciaux en championnat malgré un prêt temporaire plus tôt dans la saison. Parmi les faits marquants, on retient un parcours mémorable en Coupe UEFA, où l'équipe a remporté une célèbre victoire 6-4 sur l'ensemble des deux matchs contre les géants anglais d'Arsenal au premier tour, offrant un éclair de drame européen dans une année de championnat par ailleurs inconstante, et qui reste un chapitre notable de l'histoire du club. La saison 1997-98 fut une lutte dramatique et éprouvante pour la survie du Borussia Mönchengladbach, les Fohlen arrachant finalement une 15e place désespérée en Bundesliga. Cette position précaire n'a assuré leur maintien en première division que lors de la dernière journée, grâce à un avantage crucial en termes de différence de buts sur le Karlsruher SC relégué. L'attaquant suédois Jörgen Pettersson a mené cette bataille angoissante, ses 13 buts s'avérant vitaux pour un club qui a vu trois entraîneurs différents, Hannes Bongartz, Norbert Meier et Friedel Rausch, tenter de le maintenir hors de la zone de relégation. Malgré l'instabilité sur le terrain et une élimination décevante au premier tour de la DFB-Pokal aux tirs au but face à Hanovre 96, l'effectif comptait des icônes comme Stefan Effenberg et Patrik Andersson. Cette année âprement disputée reste un chapitre tendu, mais mémorable, qui a repoussé la relégation finale du club à la saison suivante.