La saison 1998-99 fut une première saison en première division dramatique, historique et finalement dévastatrice pour Villarreal, El Submarino Amarillo terminant à une décevante 18ème place en Liga, synonyme de relégation après un barrage tendu. Ayant atteint l'élite pour la première fois de son histoire, la saison fut marquée par une lutte désespérée pour le maintien, malgré les efforts prolifiques de l'attaquant roumain Gheorghe Craioveanu, dont les 13 buts cruciaux furent déterminants. Cette année turbulente marqua l'entrée initiale et douloureuse du club dans l'élite espagnole, mais elle reste un chapitre fondateur et déterminant qui précéda leur retour célèbre et leur établissement ultérieur comme force européenne.