La saison 1998-99 a été une année cruciale de consolidation en Serie A pour Cagliari, les Casteddu terminant 13e et assurant avec succès leur maintien dans l'élite après leur promotion. L'équipe était une force redoutable au Stadio Sant'Elia, bâtissant son maintien sur une forme exceptionnelle à domicile, incluant une démolition 5-0 de la Sampdoria et une victoire palpitante 4-3 contre la Roma. À la pointe de l'attaque se trouvait le prolifique attaquant Roberto Muzzi, dont les 16 buts cruciaux en championnat en ont fait l'un des cinq meilleurs buteurs de Serie A cette saison-là. Cette campagne, qui a également mis en lumière le talent prometteur de Fabián O'Neill, a marqué un effort déterminé du club pour rester dans l'élite italienne. La saison 1999-00 a été profondément frustrante pour Cagliari, ou Casteddu, qui a lutté en vain pour maintenir son statut en Serie A. L'équipe a terminé à une décevante 17e place avec seulement trois victoires sur toute la saison, entraînant une relégation immédiate en Serie B après seulement deux saisons dans l'élite. À la tête de l'attaque durant cette année difficile se trouvait l'attaquant camerounais Patrick M'Boma, dont les 8 buts en championnat ont fait de lui le meilleur buteur des Sardes. Malgré la présence de talents comme Daniele Berretta et un jeune David Suazo, le manque de constance a conduit à un retour douloureux en deuxième division, marquant un chapitre inoubliable de déception pour les fidèles supporters du club.