La saison 1998-99, sous la direction de l'entraîneur Héctor Cúper, fut une année historique de succès sans précédent pour les Bermellones, culminant par une impressionnante 3e place en Liga, assurant au club sa toute première qualification pour l'UEFA Champions League. Le prolifique attaquant Dani García, dont les 12 buts en championnat furent décisifs, mena l'offensive. Cependant, la saison est véritablement définie par leur parcours glorieux jusqu'en finale de la toute dernière Coupe d'Europe des vainqueurs de coupe, où ils s'inclinèrent de justesse 2-1 face à la Lazio, après avoir déjà remporté un trophée majeur avec la Supercopa de España. Cette année inoubliable, avec des stars comme Carlos Roa et Ariel Ibagaza, a cimenté le statut de Majorque en tant que force redoutable.