La saison 1999-00 fut extraordinaire et historique pour le Deportivo Alavés. Pour leur deuxième saison seulement de retour dans l'élite, les Babazorros ont réalisé une spectaculaire 6ème place en Liga. Cette position remarquable leur a assuré une première qualification en Coupe UEFA. La campagne reposait sur une défense de fer, le gardien Martín Herrera remportant le prestigieux Trophée Zamora pour le plus faible ratio de buts encaissés. En attaque, le vétéran Julio Salinas, avec 8 buts cruciaux, fut un pilier lors de sa dernière saison professionnelle. Ce fut une année mémorable et surprenante de surperformance, jetant les bases de la course inoubliable du club vers la finale de la Coupe UEFA la saison suivante.