La saison 1999-00 fut une saison de transition et de déception pour l'Athletic Bilbao, les Leones chutant à la 11e place de la Liga, une première en dehors du top dix sous l'ère de l'entraîneur Luis Fernández. Le talentueux attaquant Joseba Etxeberria menait l'attaque, ses 12 buts toutes compétitions confondues étant cruciaux dans une saison marquée par l'inconstance et les contre-performances. Ce fut une année éprouvante qui a conduit au départ de l'entraîneur emblématique Luis Fernández, marquant la fin d'un chapitre important à San Mamés et annonçant une période de changement.