La saison 1999-00 a marqué des débuts historiques et cruciaux pour le Málaga CF en « Liga de las Estrellas », les Boquerones, fraîchement promus, ayant solidement assuré leur maintien en première division avec une 12e place. Le sensationnel attaquant hispano-brésilien Catanha a mené la charge, ses 24 buts en championnat, le plaçant à égalité au deuxième rang de toute la division, se révélant cruciaux dans une campagne jalonnée de moments marquants, dont une victoire historique 2-1 contre Barcelone au Camp Nou, faisant de cette année une période fière et inoubliable qui a cimenté la nouvelle ère du club en Liga. La saison 2000-01 a été une année de consolidation exceptionnelle pour Málaga, les Boquerones ayant grimpé à une impressionnante 8e place en Liga, les plaçant à portée d'une qualification européenne. Le prolifique Panaméen Julio Dely Valdés a mené l'attaque, ses 16 buts étant le pilier de la redoutable force offensive « Double D » qu'il formait avec Darío Silva. La campagne a été marquée par des moments palpitants, notamment le coup du chapeau de Dely Valdés (avec une célèbre bicyclette) contre Valence, finaliste européen, et Darío Silva marquant l'un des buts les plus rapides de l'histoire du football espagnol. Ce fut une année cruciale qui a vu le club asseoir sa position dans l'élite, un chapitre déterminant qui a également vu Francisco Rufete être appelé en équipe nationale d'Espagne.