La saison 2002-03 a été marquée par un faux espoir démesuré et des difficultés financières pour Brentford, les Bees ayant finalement chuté à la 16e place de la Second Division. Le jeune attaquant prêté Rowan Vine menait l'attaque, ses 10 buts en championnat (13 au total) s'avérant cruciaux. La saison fut caractérisée par un début invaincu et en tête du classement, qui s'est effondré de manière spectaculaire en deuxième partie de saison. L'équipe a néanmoins offert des moments de gloire en coupe, atteignant le quatrième tour de la FA Cup (avec une victoire mémorable contre Derby County) et les demi-finales du Football League Trophy. Ce fut une année turbulente sous la direction de l'entraîneur Wally Downes, marquée par la lutte du club pour équilibrer ses comptes après l'effondrement d'ITV Digital. La saison 2003-04 a été une véritable lutte turbulente pour la survie de Brentford, les Bees ayant finalement assuré un maintien spectaculaire à la 17e place de la Second Division. Après une série de résultats désastreux en milieu de saison qui a conduit au limogeage de l'entraîneur Wally Downes en mars, l'équipe, galvanisée sous la houlette du nouvel entraîneur Martin Allen, a réussi à arracher son maintien lors de la dernière journée, portée par les 11 buts cruciaux en championnat de l'ailier influent Stephen Hunt, en faisant une "Grande Évasion" dramatique et inoubliable pour les supporters de Griffin Park.