La saison 2003-04 fut une campagne marquée par des hauts spectaculaires et une déception finale pour Pérouse. Les Grifoni ont remporté la Coupe Intertoto de l'UEFA avant le début de la saison, ce qui leur a valu un parcours respectable jusqu'au troisième tour de la Coupe de l'UEFA. Cependant, leur campagne en Serie A fut chaotique et controversée, marquée par la signature insolite d'Al-Saadi Kadhafi par le président impétueux du club, Luciano Gaucci. Malgré les efforts de Zé Maria, auteur de 7 buts en championnat pour le club, Pérouse a terminé 15e et a été contraint de disputer un barrage de relégation décisif contre la Fiorentina. Ils ont perdu ce barrage tendu en deux manches sur un score cumulé de 2-1, entraînant une relégation dévastatrice qui a mis fin à leurs six saisons dans l'élite italienne et reste un chapitre douloureux de l'histoire du club.