La saison 2003-04 a marqué des débuts réussis en Premiership pour Portsmouth, avec Pompey assurant une 13e place vitale et préservant son statut en première division pour la première fois depuis 1988. Le fer de lance était l'attaquant clinique Yakubu Aiyegbeni, dont les 16 buts en championnat se sont avérés décisifs lors d'une campagne bâtie sur la forteresse de Fratton Park et un redressement spectaculaire en fin de saison. Ce fut une année exceptionnelle qui a vu l'équipe de Harry Redknapp terminer devant des clubs établis comme Tottenham et Blackburn, et cela reste un chapitre marquant pour la seule équipe promue à avoir survécu cette saison-là, notamment en restant invaincue face aux "Invincibles" d'Arsenal. La saison 2004-05 fut une lutte dramatique et turbulente pour la survie de Portsmouth, Pompey assurant finalement son maintien en Premier League en terminant 16e. La saison a été marquée par un ballet d'entraîneurs, commençant par le départ de Harry Redknapp et se terminant par Alain Perrin assurant le maintien juste avant la fin de la saison. Le fer de lance était l'avant-centre clinique Yakubu Aiyegbeni, dont les 13 buts en championnat (17 toutes compétitions confondues) se sont avérés absolument vitaux, y compris le but égalisateur lors de l'avant-dernier match qui a officiellement assuré leur maintien en première division. La campagne a offert des moments emblématiques, comme une célèbre victoire 2-0 à domicile contre Manchester United, et l'équipe a joué un rôle crucial, le dernier jour, dans la relégation dramatique de ses rivaux de toujours, Southampton. Ce fut une année tendue et inoubliable qui a cimenté la présence durement acquise du club parmi l'élite.