La saison 2006-07 a marqué un retour glorieux en première division pour l'Atalanta. La Dea, pour sa première saison de retour en Serie A, a obtenu une très respectable 8ème place sous la houlette de l'entraîneur Stefano Colantuono. Le fer de lance était la légende et capitaine bien-aimé du club, Cristiano Doni, de retour, dont les 13 buts cruciaux en championnat ont été le pilier de l'attaque et ont marqué une brillante renaissance personnelle. Lors d'une saison marquée par les retombées du Calciopoli, qui a vu des points retirés à des rivaux, l'Atalanta a remporté des victoires mémorables contre des géants comme l'AC Milan et la Roma, établissant ainsi une base solide pour son maintien durable dans l'élite.