La saison 2006-07 de The Boro fut marquée par la nomination controversée mais audacieuse du capitaine du club, Gareth Southgate, au poste d'entraîneur, qui a pris sa retraite de joueur pour prendre les rênes. L'équipe a finalement obtenu une solide 12e place en Premier League, traversant une saison de transition qui faisait suite à une finale de Coupe UEFA. L'attaquant australien vétéran Mark Viduka menait l'attaque avec sa puissance caractéristique ; ses 14 buts en championnat se sont avérés vitaux au cours d'une année consacrée à l'intégration de recrues clés comme Jonathan Woodgate et Robert Huth, tout en offrant une scène aux talents émergents comme Lee Cattermole.