La saison 2006-07 fut une première saison mouvementée en League One pour Northampton Town, qui a finalement consolidé sa position avec une 14e place après sa récente promotion. L'année fut marquée par un changement d'entraîneur, John Gorman étant remplacé en milieu de saison par Stuart Gray, et le départ très médiatisé en cours de saison de l'attaquant emblématique Scott McGleish. Malgré les bouleversements et une série de matchs à domicile difficiles, les 12 buts de McGleish en championnat furent vitaux, et les Cobblers, fraîchement promus, ont lutté avec succès pour assurer leur maintien, établissant ainsi leur place en troisième division.