La saison 2006-07 fut celle d'une émergence spectaculaire et d'une qualification européenne pour la Sampdoria, les Blucerchiati terminant à une solide 9e place en Serie A. À la pointe de l'attaque, le jeune attaquant sensationnel Fabio Quagliarella, dont les 13 buts en championnat, dont beaucoup étaient des chefs-d'œuvre mémorables et lointains, se sont avérés décisifs dans une campagne riche en rebondissements. La révélation de Quagliarella est survenue suite à la suspension pour dopage de la légende du club Francesco Flachi, offrant à l'attaquant l'opportunité de briller. Sa forme, combinée à la course de l'équipe jusqu'aux demi-finales de la Coppa Italia, fut cruciale, valant finalement au club une place convoitée en Coupe Intertoto de l'UEFA. Ce fut une année charnière qui a vu l'émergence d'un futur international italien et a marqué un retour réussi sur la scène européenne pour l'équipe.