La saison 2006-07 fut puissante et gratifiante pour Villarreal, avec El Submarino Amarillo qui a décroché une cruciale 5e place dans une course palpitante en Liga sous la houlette de l'entraîneur Manuel Pellegrini. Cette position impressionnante leur a assuré une place convoitée en Coupe UEFA pour la saison suivante. L'attaque était menée avec une régularité dévastatrice par la star uruguayenne, Diego Forlán, dont les 19 buts en championnat se sont avérés vitaux dans une campagne bâtie sur une fin de saison solide et une défense résiliente. Ce fut une saison de consolidation et de promesses qui a marqué la présence continue du club parmi l'élite espagnole et reste un fier chapitre de son histoire moderne.