La saison 2008-09 fut une campagne pleine d'ambition et de changements d'entraîneur pour Naples. Les Partenopei, après avoir remporté la Coupe Intertoto de l'UEFA, ont démarré fort en Serie A, atteignant la deuxième place sous la direction d'Edoardo Reja avant un passage à vide en milieu de saison. Cette période mouvementée a conduit à l'arrivée de Roberto Donadoni, le club terminant finalement à la 12e place. Le jeune milieu de terrain dynamique Marek Hamšík a mené l'attaque, ses 9 buts le plaçant en tête des meilleurs buteurs de l'équipe et lui valant le titre de Jeune Footballeur de l'Année de Serie A. Elle reste un chapitre marquant de transition, faisant le lien entre le retour du club en Serie A et l'ère de succès qui a suivi.