La saison 2012-13 fut une campagne de survie pleine de défi pour l'Atalanta, alors que La Dea, sous la direction de Stefano Colantuono, a lutté contre l'adversité pour obtenir une 15e place en Serie A. Ils ont commencé l'année avec une déduction de deux points suite au scandale des matchs truqués, faisant de chaque victoire une étape cruciale dans leur lutte pour le maintien en première division. L'attaquant argentin Germán Denis a mené la charge avec sa puissance et son talent caractéristiques, son total crucial de 15 buts s'avérant décisif pour ancrer l'attaque aux côtés de talents comme Giacomo Bonaventura et Maxi Moralez. Cette saison, définie par la ténacité et la détermination du capitaine Gianpaolo Bellini, a consolidé leur place dans l'élite et reste un chapitre marquant de la lutte et de la résolution du club face à l'adversité.