La saison 2006-07 fut une campagne marquée par des bouleversements dramatiques et une consécration en Coupe mémorable pour le Club Bruges. Malgré une 6ème place en Première Division belge et un changement d'entraîneur en milieu de saison, les Zwart ont su se ressaisir sous la houlette de Cedomir Janevski pour remporter la Coupe de Belgique, battant leurs rivaux du Standard de Liège 1-0 en finale et s'assurant une place en Coupe UEFA. L'attaquant croate Boško Balaban a mené l'attaque, ses 16 buts en championnat s'avérant vitaux, dont un but crucial en fin de match lors du premier tour de la Coupe UEFA qui a assuré leur qualification pour la phase de groupes. Ce fut une année triomphale, définie par la résilience et le succès en coupe.