La saison 2008-09 fut une saison de déception dévastatrice pour le FC Nantes. Les Canaris, fraîchement promus en Ligue 1, chutèrent à la 19e place et furent immédiatement relégués en deuxième division. Malgré l'optimisme estival suscité par la signature très médiatisée de la star croate Ivan Klasnić, l'année fut marquée par des bouleversements managériaux et une incapacité à trouver de la constance. Le vétéran Mamadou Bagayoko, avec ses 7 buts cruciaux, fut le meilleur buteur et un facteur décisif dans la lutte pour le maintien, qui se solda par un déchirement lors de la dernière journée. Cela reste un chapitre douloureux et inoubliable qui vit le bref retour du club historique dans l'élite écourté, se concluant notamment par la dernière apparition de la légende du club, Frédéric Da Rocha.