La saison 2006-07 fut une saison particulièrement mouvementée pour le Bayern Munich, le FCB terminant finalement à une décevante 4e place en Bundesliga, ce qui leur a assuré une qualification pour la Coupe UEFA mais leur a coûté une place en Ligue des Champions. La saison fut marquée par le limogeage en milieu de saison de l'entraîneur Felix Magath, qui fut remplacé par la légende du club, Ottmar Hitzfeld, de retour. Malgré les difficultés en championnat et une élimination au troisième tour de la DFB-Pokal, l'équipe a réalisé un parcours inoubliable en Ligue des Champions jusqu'en quarts de finale, marqué par une célèbre victoire en huitièmes de finale contre le Real Madrid où le buteur clinique Roy Makaay a marqué le but le plus rapide de l'histoire de la Ligue des Champions (10,12 secondes). Makaay a été le meilleur buteur de l'équipe avec 16 buts en championnat au cours d'une année qui reste un chapitre turbulent mais mémorable de l'histoire du club.