La saison 2004-05 fut une campagne difficile et une saison de transition décisive pour le "Super Depor", qui termina à une décevante 9e place en Liga et ne parvint pas à réitérer ses exploits européens précédents. Le club connut un effondrement spectaculaire en Ligue des Champions, terminant dernier de son groupe avec seulement deux points et, fait marquant, zéro but marqué, contrastant fortement avec sa précédente demi-finale. À la pointe de l'attaque de l'équipe dirigée par Javier Irureta se trouvait le talentueux Albert Luque, dont les 11 buts en championnat furent une rare éclaircie dans une campagne qui marqua la fin de l'âge d'or de vétérans comme Mauro Silva. Cette saison de changements s'acheva par une qualification pour la Coupe Intertoto.