La saison 2008-09 fut une campagne de bouleversements et de transition dramatiques pour le Bayern Munich, le FCB terminant 2e de la Bundesliga, échouant finalement à remporter le titre face au surprenant VfL Wolfsburg. L'année commença avec le nouvel entraîneur Jürgen Klinsmann aux commandes, mais son mandat ambitieux et malheureux prit fin brusquement en avril après une série de défaites douloureuses, dont une défaite écrasante 5-1 contre les futurs champions et une humiliante défaite 4-0 face à Barcelone qui les vit quitter la Ligue des Champions en quarts de finale. L'attaque était menée par le clinique Luca Toni, dont les 14 buts en championnat furent vitaux, mais la grande importance de la saison pour l'avenir fut les débuts en Bundesliga d'un jeune talent émergent nommé Thomas Müller. Le club assura sa qualification en Ligue des Champions grâce à l'influence stabilisatrice de l'intérimaire Jupp Heynckes dans les dernières semaines d'une campagne définie par un grand suspense et une victoire cumulée inoubliable et record contre le Sporting CP lors des huitièmes de finale européens.