La saison 2006-07 s'est achevée de manière dévastatrice et turbulente pour Messine, les Giallorossi terminant à une écrasante 20e place en Serie A, ce qui a entraîné leur relégation en deuxième division. Au cœur d'une saison chaotique marquée par trois changements d'entraîneur, la seule lueur d'espoir du club fut l'attaquant talismanique Christian Riganò, dont les 19 buts spectaculaires en championnat se sont avérés décisifs, lui valant la troisième place dans la course au Capocannoniere malgré une longue absence pour blessure. Ce fut une année sombre qui marqua la fin du bref retour du club dans l'élite et préfigura la grave crise financière qui allait bientôt définir ce douloureux chapitre de leur histoire moderne.