La saison 1999-00 a vu Pérouse terminer à une respectable place en milieu de tableau, les Grifoni, sous la houlette de l'entraîneur Carlo Mazzone, s'assurant la 10e position dans une Serie A très disputée. Nicola Amoruso, avec ses 11 buts cruciaux, a été le meilleur buteur de l'équipe. Cependant, cette saison est surtout restée dans les mémoires comme le dernier chapitre de la carrière du superstar japonais Hidetoshi Nakata au club, qui fut un élément clé avant son transfert retentissant à la Roma en janvier 2000. L'équipe, avec un jeune Marco Materazzi et l'influent Renato Olive, a prospéré grâce à sa pugnacité et son caractère, parfaitement incarnés par son maillot domicile Galex, désormais culte, orné du griffon. Ce fut une année solide qui a consolidé le maintien tenace du club en Serie A.