La saison 2006-07 se solda par une déception amère et la relégation du Celta Vigo, les Celestes terminant à une décevante 18e place en Liga, marquant ainsi la fin douloureuse de leur passage dans l'élite. Cette campagne nationale désastreuse, qui vit un changement d'entraîneur en fin de saison (de Fernando Vázquez à Hristo Stoichkov), éclipsa une mémorable aventure européenne où le club atteignit de manière impressionnante les huitièmes de finale de la Coupe UEFA avant de s'incliner face au Werder Brême. Sur le terrain, l'attaquant brésilien prolifique Fernando Baiano menait l'attaque ; ses 15 buts en championnat (18 au total) furent une étincelle offensive vitale, mais ne purent empêcher le destin de "club yoyo" du club. Ce fut une année turbulente qui reste un chapitre difficile mais déterminant dans l'histoire moderne des Celestes. La saison 2007-08 fut une période d'immense turbulence et de consolidation désespérée pour le Celta Vigo, les Celestes luttant pour une 16e place obtenue dans la douleur en Segunda División. Suite à leur relégation, le club était en profonde crise financière, contraint de procéder à d'énormes coupes et de vendre des joueurs clés, avec l'ombre d'une liquidation potentielle planant sur Balaídos. Dans cet environnement difficile, l'attaquant vétéran José Jesús Perera menait l'attaque avec des buts vitaux ; ses 15 réalisations s'avérèrent cruciales pour assurer leur maintien âprement disputé en deuxième division espagnole. Ce fut une année sous haute tension et stressante qui marqua une période de transition douloureuse et reste un chapitre déterminant dans la lutte moderne du club pour son existence.