La saison 2006-07 a marqué un retour vital d'Everton sur la scène européenne. Les Toffees, sous la houlette de l'entraîneur David Moyes, ont décroché une solide 6e place en Premier League, assurant ainsi une qualification pour la Coupe UEFA. Andrew Johnson, recrue record du club, a mené l'attaque, ses 11 buts cruciaux en championnat étant le pilier de l'offensive, notamment un doublé lors de la sensationnelle victoire 3-0 dans le derby du Merseyside contre Liverpool. Cette saison, définie par les performances incessantes de Mikel Arteta, élu Joueur de la Saison, a permis à Everton de retrouver sa place parmi l'élite anglaise et reste un chapitre déterminant de l'histoire moderne du club. La saison 2007-08 fut une saison d'ambition et de quasi-réussite pour Everton. Les Toffees ont obtenu une brillante 5e place en Premier League, se qualifiant pour la Coupe UEFA. Yakubu Aiyegbeni, recrue record du club, a mené l'attaque, ses 15 buts en championnat (21 au total) s'avérant décisifs dans une campagne bâtie sur la régularité et une défense redoutable. Sous la direction de David Moyes, l'équipe a fortement défié pour une place en Ligue des Champions et a réalisé de beaux parcours en coupes, atteignant les demi-finales de la Coupe de la Ligue et les huitièmes de finale de la Coupe UEFA, où elle a été éliminée dramatiquement aux tirs au but par la Fiorentina. La régularité de Joleon Lescott, élu Joueur de la Saison, a fait de cette année un millésime mémorable qui a cimenté le statut d'Everton comme une force redoutable de la Premier League.