La saison 1998-99 a été synonyme de triomphe national pour le Bayern Munich, le FCB, dirigé par Ottmar Hitzfeld, a remporté le titre de Bundesliga. L'attaque était menée par le puissant duo Carsten Jancker et Giovane Élber, qui ont chacun marqué 13 buts en championnat lors d'une saison bâtie sur une régularité implacable et un leadership expérimenté. Ce fut une saison de gloire quasi historique, car ils ont également remporté la Ligapokal et atteint la finale de l'UEFA Champions League, où ils se sont inclinés 2-1 de manière déchirante face à Manchester United après avoir concédé deux buts dramatiques dans le temps additionnel, un match qui reste l'un des chapitres les plus marquants de l'histoire européenne du club. La saison 1999-00 a marqué une domination nationale définitive pour le FC Bayern Munich, le FCB a réalisé un glorieux doublé Bundesliga et DFB-Pokal. Sous la direction magistrale d'Ottmar Hitzfeld, ils ont décroché leur deuxième titre de champion consécutif de manière spectaculaire, devançant leurs rivaux du Bayer Leverkusen à la différence de buts après que les deux équipes aient terminé à égalité avec 73 points. L'attaque redoutable était menée par l'attaquant brésilien prolifique Giovane Élber, dont les 14 buts en Bundesliga ont été le fer de lance de l'attaque. Le doublé a été scellé par une victoire éclatante 3-0 contre le Werder Brême en finale de la DFB-Pokal, offrant une douce revanche après la défaite en finale de l'année précédente face au même adversaire. Bien que leur parcours européen se soit arrêté en demi-finales de la Ligue des Champions contre le Real Madrid, ce doublé historique, associé à la victoire en DFB-Ligapokal, a cimenté le statut du club en tant que force inébranlable du football allemand.