La saison 2009-10 a offert une saison de consolidation européenne à Villarreal, le Sous-marin Jaune terminant à une respectable 7e place en Liga et assurant ainsi une place en Ligue Europa pour la saison suivante. Cette année fut marquée par un changement d'entraîneur en milieu de saison, Juan Carlos Garrido remplaçant Ernesto Valverde, ce qui a contribué à stabiliser la forme de l'équipe. En attaque, l'attaquant brésilien Nilmar était le fer de lance de l'équipe en championnat, ses 11 buts s'avérant cruciaux au sein d'un effectif comptant des stars comme Giuseppe Rossi et Marcos Senna. Ce fut également la saison de leurs débuts dans la toute première Ligue Europa de l'UEFA, où ils ont atteint les seizièmes de finale, marquant un chapitre important qui a consolidé la réputation du club en tant que compétiteur européen régulier.