La saison 1995-96 fut une lutte turbulente pour la survie de l'Athletic Bilbao, les Leones terminant finalement à une nerveuse 15e place en Liga, à seulement quatre points de la zone de barrage de relégation. Cette année difficile fut marquée par l'instabilité managériale, Dragoslav Stepanović ayant été remplacé en milieu de saison par l'intérimaire José María Amorrortu après une série de mauvais résultats. Malgré les difficultés, l'attaque était portée par le duo très apprécié des supporters, Cuco Ziganda et l'emblématique Julen Guerrero, qui ont chacun inscrit 9 buts cruciaux en championnat. Cette saison, qui vit également un jeune Aitor Karanka en défense et s'acheva par une élimination en huitièmes de finale de la Copa del Rey, fut significative pour le maintien du club dans l'élite juste avant l'arrivée du nouvel entraîneur permanent, Luis Fernández. La saison 1996-97 marqua une résurgence vitale pour l'Athletic Bilbao, les Leones s'élevant à une solide 6e place en Liga sous la nouvelle direction de l'entraîneur Luis Fernández. Cette performance impressionnante assura un retour tant convoité au football européen, avec une qualification pour la Coupe UEFA la saison suivante. Le prolifique avant-centre Cuco Ziganda mena la charge, ses 17 buts en championnat s'avérant décisifs dans une campagne bâtie sur une stabilité retrouvée et une prouesse offensive aux côtés des redoutables Julen Guerrero et Ismael Urzaiz. Ce succès, leur meilleur classement en championnat depuis trois saisons, marqua une avancée significative et triomphale pour le club et reste un chapitre de fierté pour les fidèles de San Mamés.