La saison 2003-04 a offert à l'Atalanta un retour inattendu, mais vital et immédiat, dans l'élite, La Dea terminant à une honorable 5e place en Serie B. Cette promotion cruciale en Serie A a été obtenue grâce à l'élargissement de la première division italienne de 18 à 20 équipes, offrant un sursis de dernière minute à l'équipe qui avait fléchi après Noël. Les fers de lance de cette campagne réussie étaient les co-meilleurs buteurs Igor Budan et le vétéran Carmine Gautieri, qui ont chacun marqué 11 buts. Ce fut une année décisive qui a vu le club retrouver immédiatement sa place parmi l'élite.