La campagne 2001-02 fut une saison de profonde déception pour le Real Saragosse, se soldant par une humiliante 20e place en Liga et une relégation en Segunda División espagnole. Malgré les contributions individuelles des co-meilleurs buteurs Roberto Acuña et du très médiatisé Savo Milošević, qui ont chacun inscrit 6 buts cruciaux, l'équipe a manqué de régularité et n'a pas réussi à maintenir son statut en première division. Ce fut une année de transition douloureuse qui reste un chapitre inconfortable dans l'histoire des Los Maños. La campagne 2002-03 a apporté un salut immédiat et un retour en force dans l'élite pour le Real Saragosse. Les Los Maños ont obtenu une 2e place âprement disputée en Segunda División, assurant une promotion immédiate en Liga après une seule saison en deuxième division. Le prolifique attaquant Yordi a mené la charge, ses 16 buts s'étant avérés décisifs dans une campagne bâtie sur la détermination et la volonté de se relever. Cette saison charnière, qui a également vu l'arrivée de la jeune star montante David Villa, a marqué le retour réussi du club et reste un chapitre déterminant de son histoire moderne.