La saison 2006-07 fut tumultueuse pour l'Eintracht Francfort, entre exploits en coupe et lutte pour le maintien. Les Adler terminèrent finalement à une nerveuse 14e place en Bundesliga, mais atteignirent les demi-finales de la DFB-Pokal et la phase de groupes de la Coupe UEFA, marquant une saison de hauts et de bas spectaculaires. L'international japonais Naohiro Takahara menait l'attaque, ses 11 buts cruciaux en championnat (17 toutes compétitions confondues) s'avérant vitaux. Le souvenir le plus marquant de la saison fut Takahara devenant le premier joueur japonais à inscrire un triplé en Bundesliga, un exploit remarquable qui fit taire ses premiers détracteurs et reste un chapitre unique dans l'histoire moderne du club. La saison 2007-08 vit l'Eintracht Francfort, sous la direction stable de l'entraîneur Friedhelm Funkel, assurer une vitale 9e place en Bundesliga, consolidant ainsi le statut des Adler dans l'élite. Le capitaine inspirant Ioannis Amanatidis menait la charge, ses 11 buts étant le pilier de l'attaque. La saison fut marquée par une ténacité défensive, notamment un inoubliable match nul 0-0 à l'Allianz Arena contre le Bayern Munich, où le gardien Oka Nikolov réalisa une performance héroïque. Cette fin de saison en milieu de tableau, obtenue avec un fort soutien moyen à domicile, marqua un chapitre stable et important pour le club.