La saison 1997-98 fut une année de dépassement spectaculaire pour Majorque, alors que Los Bermellones, fraîchement promus et dirigés par le nouvel entraîneur Héctor Cúper, se hissèrent à une 5e place historique en Liga, s'assurant ainsi une place convoitée en Coupe des vainqueurs de coupe. Ce succès remarquable fut mené par le prolifique attaquant argentin Gabriel Amato, dont les 13 buts en championnat furent essentiels dans une campagne également marquée par un parcours mémorable jusqu'à la finale de la Copa del Rey, où ils furent défaits de manière déchirante aux tirs au but par Barcelone. Ce fut une année charnière qui consolida le nouveau statut du club dans l'élite et reste un chapitre légendaire de son histoire moderne. La saison 1998-99, sous la direction d'Héctor Cúper, fut une saison historique de succès sans précédent pour Los Bermellones, culminant par une étonnante 3e place en Liga qui assura la toute première qualification du club pour la Ligue des champions de l'UEFA. Le prolifique attaquant Dani García, avec ses 12 buts en championnat, fut le fer de lance de cette réussite. Cependant, la saison est véritablement définie par leur glorieux parcours jusqu'à la finale de la dernière Coupe des vainqueurs de coupe de l'UEFA, où ils s'inclinèrent de justesse 2-1 face à la Lazio, après avoir déjà remporté un trophée majeur en gagnant la Supercopa de España. Cette année inoubliable, avec des stars comme Carlos Roa et Ariel Ibagaza, a consolidé le statut de Majorque en tant que force redoutable.