La saison 1997-98 fut une aventure européenne inoubliable pour Bastia, les Bleus décrochant une honorable 9e place en Division 1. La véritable gloire de la saison est venue sur la scène continentale lorsque, sous la houlette de l'entraîneur Frédéric Antonetti, l'équipe a remporté la Coupe Intertoto de l'UEFA. Ce triomphe monumental, scellé par une tête plongeante spectaculaire d'Ousmane Soumah en prolongation, a propulsé le club en Coupe de l'UEFA où il a obtenu une victoire mémorable contre Benfica avant d'être éliminé au deuxième tour. Sur le plan national, les co-meilleurs buteurs Ardian Kozniku et Ermin Šiljak, avec 5 buts chacun, ont apporté l'étincelle offensive dans une campagne qui reste un chapitre précieux de l'histoire moderne de Bastia. La saison 1998-99 fut une période de consolidation mouvementée en Division 1 pour Bastia, les Bleus terminant finalement 13e après avoir connu trois changements d'entraîneur. En pointe de l'attaque et point d'ancrage constant, le nouvel attaquant Frédéric Née a inscrit 11 buts cruciaux en championnat, consolidant l'équipe. Le chapitre marquant de la saison fut le parcours du club jusqu'en demi-finales de la Coupe Intertoto de l'UEFA, offrant une distraction bienvenue et un avant-goût de succès européen avant l'échec final. Cette année, marquée par l'inconstance sur le terrain et les drames en coulisses, témoigne de la ténacité du club et a jeté les bases des saisons suivantes.