La saison 2016-17 fut une saison turbulente et de transition pour le Bayer Leverkusen, Die Werkself terminant finalement 12ème de la Bundesliga suite au limogeage en milieu de saison de l'entraîneur Roger Schmidt. Malgré les difficultés en championnat, l'équipe a fait preuve de résilience en Europe, restant invaincue en phase de groupes de la Ligue des Champions avant d'être éliminée en huitièmes de finale par l'Atlético Madrid. Le fer de lance était l'attaquant mexicain clinique Javier 'Chicharito' Hernández, dont les 11 buts en championnat ont été le pilier de l'attaque. La saison reste mémorable pour l'émergence d'un talent de 17 ans, Kai Havertz, et pour Karim Bellarabi, auteur du 50 000ème but historique de la Bundesliga, marquant un chapitre difficile mais significatif pour le club.